Olá @Renato Bespalec​, tudo bem?

Então a integração atualmente não é nativa, então para isso você precisará fazer por API.

Para eles se conversarem você vai ter esse desenho:

Protheus → camada de integração → RD Station

ou, dependendo da necessidade:

RD Station → camada de integração → Protheus

Essa camada de integração pode ser feita pela Make, N8N. Atualmente o RD já tem integração com essas duas plataformas, fica mais "fácil" fazer esse processo.

O primeiro passo é você mapear tudo o que quer trazer do Protheus para a RD e vice-versa (como expliquei acima);

Depois de feito isso, você precisa configurar qual será seu intermediador, Make, N8N, servidor próprio, etc.

Feito o desenho do fluxo e qual plataforma irá utilizar, o indicado é ter um desenvolvedor para te auxiliar nesse momento, eu separei a documentação técnica aqui: https://developers.rdstation.com/reference/welcome

Se tiver qualquer outra dúvida, conte comigo! 😉